O WHMCS oferece2 formas de backup:
- Manual: Através do acesso ADMIN, vá em Utilities ( utilitários ), Menu System ( Sistema), Opção Database Status ( Status da base de dados ) ou http://seuwhmcs.com/seu_admin/systemdatabase.php Clique em Download Databe Backupe salve o arquivo.
- Automática: Vá no menu Setup (Configurações) opção Other ( Outros ) escolha Database Backups ( Backup base de dados ) ou acesse http://seuwhmcs.com/seu_admin/systemdatabase.php
Dependendo do tamanho da sua base de dados ( acima de 20mb ) o recomendado é utilizar o phpMyAdmin ou scripts do WHM.
Além da base de dados não esqueça de tirar um backup dos arquivos do WHMCS, principalmente do configuration.php
Fonte:
http://blog.hostdime.com.br/materias/tecnologia/seguranca-no-whmcs-por-edvan-sampaio-do-whmcs-blog-br/