Esse recurso é importante para: ao invés de criar subdomínios sempre no diretório /home/public_html, passa a criá-los na /home/ da conta.
1) Faça login em seu WHM
2) Clique em: AJUSTAR CONFIGURAÇÕES / Tweak Settings
3) Pesquise por: Restrict document roots to public_html
4) Então, selecione a opção OFF
5) Salve as alterações