Primeiro de tudo se você usa WHM/cPanel vamos recompilar o apache.

No menu procure em Software por EasyApache (Apache Update).

Clique no botão Start customizing based on profile.

Na próxima página irá perguntar qual versão do apache você quer usar, no meu caso eu uso a versão 2.2, então escolha uma e clique em Next Step.

Na próxima tela irá perguntas qual versão do PHP você quer usar, marque a opção PHP 5, e clique em Next Step, bom na outra tela é pra você escolher a versão secundária do PHP, eu uso a versão 5.2.17 do PHP, pois nessa versão tem todos os recursos que preciso, caso algum cliente seu pedir uma versão mais atual do PHP escolha uma versão mais recente e clique em Next Step.

Bom agora vem a parte importante os módulos do apache e do PHP.

Você deve estar em Short Option List.

Marque essas opções:

TOMCAT
Mod SuPHP
EAccelerator for PHP
IonCube Loader for PHP
Mod Security
Suhosin for PHP
Zend Optimizer for PHP

Agora no botão Exhaustive Option List.

Bom agora estamos na lista completa de opções para configurar o Apache/PHP, as opções que estiverem laranjadas deixe-as marcadas pois são ativadas por padrão no apache então não mexa nelas.

Bom aqui eu estou usando assim:
Asis
Deflate
Disk Cache
Env
Expires
Mod FCGID
Fileprotect
tomcat
Headers
Imagemap
Mod SuPHP
Proxy
UniqueId

em Other Modules não mexa pois são as opções que você marcou na tela anterior.

Bom agora vamos configurar o PHP, as opções em Laranja são ativas por padrão, então não precisa mexer nelas.

Aqui eu deixo assim:
Bcmath
CGI
Calendar
Curl
CurlSSL
Exif
FTP
Fastcgi
GD
Iconv
Imap
MM
Magic Quotes
MailHeaders
Mbregex
Mbstring
Mcrypt
Mhash
Mysql
Mysql of the system
MySQL "Improved" extension
OpenSSL
PDO
PDO MySQL
POSIX
Path Info Check
Pear
PGsql
Sockets
TTF (FreeType)
Zip
Zlib

Agora clique em Save and Build.

Bom agora é só aguardar até que o apache compile (demora bastante tempo).

Após terminar verifique se tudo está OK, faça seus testes.
Caso der problema com a biblioteca PDO do PHP (caso o PHP acuse que a extensão não exista) vamos ter que instalar o PDO pelo PHP Pecl, para isso faça o seguinte no menu novamente em Software procure por Module Installers, na tela que abrir clique em PHP Pecl -> Manage, então após abrir a página, no campo Search digite pdo e clique em Go.

Agora deve ter mostrado uma lista com várias extensões do PDO, instale o PDO clicando em Installe depois instale para qual tipo de banco de dados você vai usar o PDO no meu caso eu instalei oPDO_MYSQL e PDO_PGSQL.

Pronto com isso temos o Apache e o PHP configurados corretamente.

Agora vamos dar uma configurada básica no conf do Apache httpd.conf, para isso acesse seu VPS via SSH (eu uso putty para isso).

Como uso CentOS a configuração do meu apache fica em /etc/httpd/conf/httpd.conf.

Para editar o arquivo use seu editor favorito no meu caso eu uso o nano:
Código:

# cd /etc/httpd/conf/ 
# nano httpd.conf

Dentro do arquivo procure pelas opções seguintes e altere de acordo com suas necessidades:

Eu uso assim pois meu cliente tem mais de 30mil acessos diários e o apache roda tranquilamente sem nenhuma queda:
Código:

StartServers 5
MinSpareServers 5
MaxSpareServers 10
ServerLimit 1536
MaxClients 256
MaxRequestsPerChild 10000
KeepAlive On
KeepAliveTimeout 3
MaxKeepAliveRequests 200
ServerSignature Off
ServerTokens ProductOnly

Salve o arquivo e saia, agora reinicie o apache (pode fazer isso pelo WHM em Restart Services -> HTTP Server (apache)).

Bom última configuração no menu ainda em Service Configuration vá em Apache Configuration ->Global Configuration em Directory '/' Optionsdeixe marcado somente essas opções: 
Includes
IncludesNOEXEC
SymLinksIfOwnerMatch

clique em Save no final da página, reinicie novamente o Apache.

Agora vamos instalar o Nginx (Nginx é um servidor e proxy reverso HTTP de alta performance, gratuito e livre, mais info em: http://pt.wikipedia.org/wiki/Nginx)no Apache.

Ainda no Console SSH (caso tenha fechado abra novamente) siga esses passos:
Código:

# cd /usr/local/src
# wget http://nginxcp.com/nginxadmin1.8-stable.tar
# tar xf nginxadmin1.8-stable.tar
# cd publicnginx
# ./nginxinstaller install

Quando a instalação terminar verifique no seu WHM no menu em Plugins se existe a opção Nginx Admin, se tiver é porque o nginx foi instalado com sucesso, e agora clique nessa opção, a página que abrir deve estar assim:

Caso em Nginx Service Status não estiver UP clique no botão Restart Nginx e pronto.