Um subdomínio funciona como um subsite dentro do site principal e os arquivos que compõem este subsite vão ficar dentro de um diretório/pasta com o mesmo nome do subdomínio.
Exemplo: o seu site é www.meusite.com.br, e você criou um subdomínio chamado "blog". Portanto uma pasta/diretório será criada dentro do seu site com o mesmo nome do subdominio ("blog" em /public_html/blog), e a URL de acesso será http://blog.meusite.com.br.
Opcionalmente você pode criar um usuário de FTP com o mesmo nome do subdomínio, e este usuário de FTP terá acesso somente aos arquivos do subdomínio, e não a todo o site.
Para criar um novo subdomínio:

2) Ao entrar no painel de controle (cPanel), clique no ícone "subdominios" (subdomains);

3) Será exibida a tela de gerenciamento de subdominios, no primeiro campo informe o nome do subdomínio e logo ao lado (direito) você deve selecionar em qual domínio será criado o novo subdominio;
Cliquem em "Adicionar". Pronto, o novo subdomínio foi configurado;

Após ter criado o sub-domínio, ele aparecerá listado na mesma tela oinde você criou

Você pode acessar a pasta dele clicando em: /public_html/nome-do-sub-dominio

Acessando com a dica acima, a pasta aparecerá assim no cPanel:

Acessando pelo gerenciador de arquivos, mais precisamente indo lá na pasta : public_html
Lá no FTP, você vai ver ele dentro da pasta: public_html
Agora basta você subir para o servidor, para a pasta com o mesmo nome do subdominio, os arquivos desejados. Abra o seu navegador web e acesse http://nomedosubdominio.seudominio.com.br